Когда Карлосу исполнилось пять лет, его отец, Хосе Сантана, будучи опытным музыкантом-скрипачом, начал обучать сына основам теории музыки и игре на скрипке. В 1955 году семья перебирается из Аутлана в Тихуану. Перемещение из маленького тихого селения в суету города подействовало на Карлоса ошеломляюще. Здесь кипела музыкальная жизнь и господствовал рок-н-ролл. Восьмилетний мальчик оставил скрипку и взял в руки гитару, на которой начал учиться играть также с помощью своего отца.